Die Kirche wurde im Jahre 1334 den Seefahrern, Bootsbauern und Fischern geweiht, die im Mittelalter diesen Stadtteil bewohnten. Bereits im 13. Jahrhundert stand hier eine romanische Hallenkirche, die einem Stadtbrand zum Opfer fiel. Um 1300 wurde mit dem Bau der heutigen dreischiffigen Stufenhallenkirche begonnen. Beendet war das Bauwerk 1334. Ergänzungen wie Sakristei oder Kapellen erfolgten im 15. Jahrhundert. Der aufwendige Dachreiter ist barocken Ursprungs.
Da die Kirche den Bombenangriff im Zweiten Weltkrieg unbeschadet überstand, ist die wertvolle historische Innenausstattung barocker Prägung erhalten, wie der Altar von 1717. Aber auch gotische Stücke gibt es, so die Bronzetaufe von 1466 oder der um 1500 datierte Brömse-Altar. In der Kirche befinden sich zwei historische Orgeln, deren Grundbestand noch auf das 16. Jahrhundert zurückgeht. Als Seefahrerkirche wird hier auch all jenen gedacht, die ihr Leben bei der Schifffahrt verloren. Das geborgene und geborstene Rettungsboot der 1957 im Atlantik gesunkenen Viermastbark "Pamir" hat in der Kirche seinen Platz gefunden und regt auf berührende Weise zu stillem Gedenken an. Die Kirche ist täglich geöffnet.
Ein Kalksteinrelief an der Nordwand der Kirche gilt als erste Station des ältesten Kreuzweges Deutschlands. Der Lübecker Kaufmann Hinrich Constin ließ um 1482 den Weg anlegen, der von St. Jakobi zum Jerusalemsberg führt. St. Jakobi ist somit auch eine traditionsreiche Pilgerkirche, zu der heute eine moderne Pilgerherberge gehört.